تعددت التشريعات والقوانين بتنظيم وزارة النقل الي ان صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 57 لسنة 2002 بتنظيم وزارة النقل الذي نص علي ان تعمل وزارة النقل علي تحقيق الاهداف الآتيه:

• تلبية احتياجات الطلب علي النقل بالسكك الحديدية والطرق البرية والمائية بما يتمشي مع خطط التنمية القومية وذلك بوضع مخطط شامل لهذا المرفق في اطار الخطة العامة للدولة يحقق التنسيق والتكامل بينها والربط بين انشطتها وانشطة القطاعات الاخري ، والعمل علي تطوير مرافق النقل بالوسائل السابقة وفقا لاحدث الاساليب العلمية والتكنولوجية وبما يحقق الاستفادة من امكانياتها علي اساس اقتصادي امثل وتوفير العمالة اللازمة لهذه المرافق ورفع الكفاءة الانتاجية لها بما يمكنها من ملاحقة العصر وتشغيل وادارة هذه المرافق بأعلي درجة من الكفاءة الفنية.
• تطوير مرافق النقل البحري والنهوض بما يواكب التطورات العالمية في صناعة النقل البحري ووضع الخطط اللازمة لانتظام سير العمل بهذه المرافق والارتقاء بمستواها الي اقصي درجة عالية من الكفاءة حتي يحقق دورها المنشود في خدمة الاقتصاد القومي والعمل علي تأمين السلامة في المياه الاقليمية وتوفير العمالة القادرة علي مسايرة التقدم العلمي والتكنولوجي في صناعة النقل البحرى.
• تحديث وتطوير شبكة الطرق الحالية لتوفير قدر اكبر من الراحة والسعة والامان وكذلك توسيع هذه الشبكة للوفاء بالاحتياجات المستقبلية للتنمية.
• تطوير المجاري المائية الداخلية لخدمة النقل النهري وتوفير اعلي درجات الامان للناقلين.

كما حدد الجهات التي تتبع الوزارة وهي:

• الهيئة العامة لتخطيط مشروعات النقل.
• الهيئة القومية لسكك حديد مصر.
• الهيئة القومية للانفاق.
• الهيئة العامة للطرق والكباري والنقل البرى.
• الهيئة العامة للنقل النهرى.
•  الهيئة العامة للمواني البرية والجافه.
• المعهد القومي للنقل.
• الهيئة العامة لميناء الاسكندرية.
• الهيئة العامة لمواني البحر الاحمر.
• الهيئة العامة لميناء بورسعيد.
• هيئة ميناء دمياط.
• قطاع النقل البحرى.
• الهيئه العامه للسلامه البحريه.
• جهز تشغيل مترو الأنفاق.
• السوبر جيت.
• بنك معلومات النقل البحرى المصرى